In vielen Fällen kann oft nur eine Operation zur Therapie der Schmerzen oder des Kinderwunsches führen. Die Operation wird in Bauchspiegelung durchgeführt und richtet sich nach der Ausdehnung der Endometriose. Dabei kann es notwendig sein, auch Knoten aus dem Darm oder der Harnblase zu entfernen.
 
In jedem Fall ist diese Operation ausschließlich von erfahrenen Endometriose-Operateuren durchzuführen.